Primele asezari in jurul Kusadasi-ului au fost ale lelegianilor si carienilor, care au venit din Anatolia Centrala in anul 3000 i.Hr.Acestia populau poalele Muntelui Pilav si au fondat Ania si Melia. In secolul al X-lea i.Hr. alte asezari au fost stabilite in jurul oraselor Kusadasi, Phygale, Marethesion si Neópolis. 

In 546 i.Hr. persii au cucerit orasul si au dominat regiunea pana la cucerirea lui Alexandru cel Mare. Secole mai tarziu, regiunea a fost dominata de romani si bizantini si, in cele din urma, a cazut sub puterea turceasca. In timpul perioadei bizantine, orasul a fost folosit ca un port comercial important, utilizat mai ales de venetieni si genovezi care au numit orasul “Scala Nova”.

In 1186 D.Hr. orasul a fost adaugat dub dominatia turceasca, odata cu invazia in regiune a lui Kilic Aslan II si, in timpul aceastei perioade, Kusadasi a devenit poarta de export a rutelor drumurilor de caravana catre Marea Egee. Dupa ce statul turc a fost invins, regiunea a facut parte din teritoriul otomanilor sub domnia lui Mehmet I in 1413. 

In timpul perioadei otomane, orasul a inceput sa fie impodobit cu cladiri turcesti. Multe moschei au fost construite.



Insula Porumbelului este simbolul orasului Kusadasi, in timpul otomanilor, insula a fost numita prima data, Kusadasi (Bird Island), dar mai tarziu orasul a luat acest nume si insula a fost redenumita Insula Pigeon. Pe insula mai exista inca ramasitele unui castel bizantin folosit pentru a proteja orasul impotriva atacurilor de pe mare cat si pentru a respinge atacurile piratilor. 

Odata cu eliberarea Turciei de Imperiul Otoman si stabilirea noii republici, Kusadasi a facut parte din districtul din Izmir pana in anul 1954 cand a devenit provincia Aydin. Astazi Kusadasi, este una dintre cele mai sofisticate statiuni de vacanta din Turcia si este vizitata de mii de turisti straini, precum si turci.