Konya este considerata a fi unul dintre primele zone locuite din lume datand din mileniul al saptelea, din perioada preistorica. Studiile arheologice efectuate in Çatalhöyük demonstreaza ca zona a fost locuita in acea perioada. 

Hititiii au locuit la Karahoyuk, la periferia orasului actual, in mileniul al doilea si au numit orasul Kuwanna. Apoi au venit frigienii din Tracia si orasul a fost numit Kowania. Apoi, persii, iskenderanii, bergamii, romanii si bizantinii au condus orasul.


In timpul stapanirii romane, orasul a fost numit Iconium si inclus in provincia Galatiei in 25 i.Hr. In jurul anului 372 d.Hr., orasul a fost ridicat la statutul de colonie si a devenit capitala provinciei Lycaonia. Sfintii crestini Sf. Pavel si Sf. Barnaba au vizitat orasul si au predicat acolo.



Cand selgiucizii i-au invins pe bizantini in batalia de la Malazgirt o mare parte a Anatoliei a fost capturata, inclusiv Iconium. Iconium a fost redenumit in Konya si declarat capitala Sultanatului Rum, din 1076 de catre sultanul Suleyman Shah. In 1080 İznik a fost declarat capitala, dar in 1097, Kilic Aslan I, a mutat din nou orasul Konya ca capitala. Konya a fost capitala turcilor selgiucizi pana in 1277. 

In timpul perioadei de selgiucide, musulmanii mistici MEVLANA CELALEDDIN (Jalaluddin) RUMI au fondat secta dervisilor rotitori si a instituit un centru de predare a filosofiei mistice si practicarea sufismului.



Otomanii au cucerit orasul in 1442 in frunte cu sultanul Murad al II-lea. In timpul perioadei otomane Konya si-a continuat reputatia si s-a bucurat de stima multi ani. Dupa declinul domniei otomane, Konya s-a marit si s-a dezvoltat rapid in epoca noii republici.