In timpul anului 1185, familia Minamoto a preluat controlul asupra Japoniei dupa ce a invins clanul Taira in razboiul Gempei. Minamoto Yoritomo a fost desemnat shogun in anul 1192 si a constituit un nou guvern, Kamakura Bakufu. Noul guvern feudal a fost coordonat printr-o forma mai simpla decat cea din Kyoto si a functionat mult mai bine sub conditiile japoneze.

Dupa moartea lui Yorimoto in 1199, conflictele pentru suprematie au inceput intre Bakufu din Kamakura si curtea imperiala din Kyoto. Aceste conflicte pentru suprematie s-au incheiat prin confruntarea Jokyu din 1221 cand Kamakura a invins armata imperiala in Kyoto, iar regentii Hojo din Kamakura au preluat controlul absolut asupra intregii Japonii. Dupa asta, prin redistribuirea pamantului obtinut in timpul confruntarii Jokyu, ei au obtinut loialitatea tuturor oamenilor puternici din tara. Imparatul si functionarii politici care au mai ramas in Kyoto si-au pierdut toata puterea efectiva.

Influenta chineza si-a mentinut taria in timpul perioadei Kamakura. Au fost infiintate noi secte budiste: secta Zen (introdusa in 1191) a reusit sa obtina un numar mare de adepti printre samurai, care erau acum clasa sociala conducatoare. O alta secta budista noua, secta radicala, dogmatica si intoleranta, Lotus Sutra, a fost infiintata in 1253 de catre Nichiren.

In 1232 a fost publicat un cod legal, Joei Shikimoku. Acesta accentua valorile confucianiste precum importanta loialitatii catre stapan si in particular, dorinta de-a reprima orice declin al moralei si disciplinei. Controlul sufocant a fost mentinut de clanul Hojo, si orice semn de rebeliune era distrus imediat.

Shogunul statea in Kamakura fara multa putere in timp ce reprezentanti ai lui erau situati in Kyoto si vestul Japoniei. Administratorii delegati si politistii controlau provinciile cu fermitate si loialitate. Cu siguranta, regentii Hojo erau in stare sa pastreze multe decade de pace si crestere economica in tara, dar o putere externa a inceput sa intimideze Japonia.

In anul 1259 mongolii au invadat China si au vrut sa faca acelasi lucru si in cazul Japoniei. Cateva mesaje intimidante din partea puternicilor mongoli au fost trecute cu vederea de Kamakura. Aceasta a condus la prima invazie mongola in 1274 a insulei Kyushu. Numai dupa cateva ore de lupte, totusi, uriasa flota navala de invazie a trebuit sa se retraga din cauza conditiilor meteo proaste. Situatia a fost foarte favorabila pentru japonezi de vreme ce sansele lor impotriva unei forte mongole moderne si uriase nu erau deloc avantajoase.

Datorita unor pregatiri bune si antrenamentului, japonezii au fost in stare sa pastreze o aparare solida timp de cateva luni in timpul celei de-a doua incercari de invazie care a avut loc in 1281. Cu timpul mongolii au fost fortati in cele din urma sa se retraga mai ales din cauza vremii proaste. Kyushu a ramas in alerta pentru o a treia potentiala incercare de invazie, dar mongolii au avut in curand cateva probleme pe continent, asa ca nu si-au mai batut capul cu Japonia.

Aceste lupte cu mongolii si cei cativa ani de pregatiri pentru razboi au fost fatali pentru guvernul Kamakura pentru ca au fost marcati doar de cheltuieli si de nici un fel de profituri. Cativa din oamenii loiali care se luptau pentru Kamakura asteptau acum recompense pe care guvernul nu le putea plati. Ca urmare, problemele financiare si pierderea loialitatii nobililor puternici au fost printre motivele caderii guvernului Kamakura.

In timpul anului 1333 puterea regentilor Hojo s-a redus atat de mult incat imparatul Go-Daigo a putut sa recapete puterea imperiala si sa rastoarne puterea Kamakura Bakufu.