Tokugawa Ieyasu a fost cel mai puternic om din toata Japonia dupa guvernul lui Hideyoshi, dupa moartea acestuia in 1598. In ciuda promisiunilor sale el nu l-a recunoscut pe succesorul lui Hideyoshi, Hideyori, pentru ca vroia sa devina guvernatorul absolut al Japoniei.

In timpul bataliei de la Sekigahara din 1600, Ieyasu i-a invins pe loialistii lui Hideyori si pe ceilalti rivali din vest. Drept urmare, a avut o putere si o avere aproape nelimitata. In anul 1603, Ieyasu a fost denumit shogun si si-a stabilit guvernul in Edo (Tokyo). Shogunii Tokugawa au continuat sa domneasca in Japonia pentru o perioada remarcabila de 250 de ani.

Ieyasu a tinut tara sub un control strict. El a distribuit pamantul in mod inteligent printre daimyo: mai multi vasali loiali (cei care l-au sustinut la Sekigahara) au primit prin urmare domenii mai importante strategic. Fiecare daimyo trebuia de asemenea sa petreaca un an din doi in Edo. Asta insemna o mare povara financiara pentru daimyo, ceea ce ii modera puterea acestuia.

Ieyasu a continuat sa promoveze comertul strain. El a pus bazele relatiilor cu englezii si olandezii. Pe langa asta, a implementat suprimarea si persecutarea crestinilor din 1614 incolo.

Dupa declinul clanului Toyotomi in 1615 cand Ieyasu a capturat Castelul Osaka, el si succesorii sau practic nu au mai avut rivali, iar pacea a predominat in perioada Edo. De aceea razboinicii (samurai) au fost educati nu numari in artele martiale dar si in literatura, filozofie si arte, precum ceremonia ceaiului.

In anul 1633, shogunul Iemitsu a interzis calatoria in strainatate si practic a izolat Japonia in 1639 prin descresterea contactelor cu lumea exterioara, ramanand doar un comert foarte limitat cu Olanda si China in portul din Nagasaki. In plus, toate cartile straine au fost interzise.

In ciuda izolarii, comertul intern si productia agricola s-a imbunatatit. In perioada Edo si in special in timpul epocii Genroku (1688 – 1703) cultura populara s-a infiintat si a inflorit. Noi forme de arta precum kabuki si ukiyo-e au devenit foarte populare in special pentru oraseni.

Cea mai fundamentala filozofie a Japoniei Tokugawa a fost neo-confucianismul, cu accent pe importanta moralei, educatiei si a ordinii ierarhice in guvern si societate. Un sistem rigid de patru clase a existat in timpul perioadei Edo: in varful ierarhiei sociale era samuraiul, urmat de tarani, artizani si negustori. Membrilor celor patru clase sociale nu li se permitea sa-si schimbe statutul social. Proscrisii (eta), oameni ale caror profesii era considerate a fi impure, formau o a cincea clasa.

In anul 1720, interdictia asupra literaturii occidentale a fost suspendata si multe invaturi noi au fost introduse in Japonia prin China si Europa (studii olandeze). S-au dezvoltat de asemenea noi scoli nationaliste care combinau elemente Shinto si confucianiste.

Chiar daca guvernul Tokugawa a fost foarte stabil de-a lungul mai multor secole, situatia sa a decazut constant din mai multe motive: O inrautatire a conditiilor financiare ale guvernului ceea ce a condus la taxe mai mari si revolte in cadrul populatiei de fermieri. In plus, Japonia trecea periodic prin dezastre naturale si ani de foamete care provocau dezordine si alte dificultati financiare pentru guvernul central si daimyo. Ierarhia sociala a inceput sa se prabuseasca pe masura ce clasa negustorilor crestea progresiv iar unii samurai au inceput sa depinda financiar de ea. In a doua parte a epocii, coruptia, incompetenta si declinul moralei in cadrul guvernului a provocat probleme.

In ultima parte a secolului al XVIII-lea presiunea externa a inceput sa fie o problema din ce in ce mai importanta, cand rusii au incercat sa puna bazele comertului cu Japonia, fara succes. Acestia au fost urmati de alte tari europene si de americani in secolul al XIX-lea. A fost in sfarsit Comertul cu Cidru din Pere din 1853 si apoi in 1854 care a fortat guvernul Tokugawa sa deschida un numar limitat de porturi pentru comert international. Cu toate astea, comertul a ramas foarte limitat pana la restaurarea Meiji in 1868. Cu toate elementele combinate, simturile anti-guvernamentale erau incitate si au provocat alte miscari precum cererea restaurarii puterii imperiale si sentimentele anti-occidentale, mai ales in cadrul samurailor ultra-conservatori din domeniile din ce in ce mai independente precum Choshu si Satsuma. Cativa oameni, totusi, au acceptat in curand marile avantaje ale natiunile occidentale in ceea ce privea stiinta si armata, si au sustinut o deschidere completa fata de lume. In sfarsit, si conservatorii au acceptat acest fapt dupa ce au fost confruntat de navele de razboi occidentale in cateva incidente.

In anii 1867-68 guvernul Tokugawa s-a prabusit din cauza marii presiuni politice, iar puterea imparatului Meiji a fost restaurata.