Oda Nubunaga a preluat controlul asupra provinciei Owari (in jurul orasului modern Nagoya) in anul 1559. Precum multi alti daimyo, el a fost foarte interesat de unirea Japoniei. Asezat intr-o pozitie strategica avantajoasa el a reusit sa captureze capitala in 1568.

Dupa ce s-a asezat in Kyoto, Nobunaga a continuat sa-si elimine dusmanii. Printre acestia erau sectele militante budiste, in special secta Ikko (Secta Pamantului Pur) care devenise foarte puternica in multe provincii. Nobunaga a distrus in intregime manastirea Enryakuji de langa Kyoto in 1571. Lupta sa impotriva sectei Ikko a continuat pana in 1580.

Foarte avantajat a fost Nobunaga in ceea ce privea relatia sa cu doi dintre cei mai periculosi rivali ai sai din est: Takeda Shingen si Uesugi Kenshin. Acestia au murit inainte de a-l putea confrunta pe Nobunaga. Dupa moartea lui Shingen, Nobunaga a preluat controlul asupra clanului Takeda in batalia de la Nagashino (1575), folosind armament de razboi modern.

In anul 1582, generalul Akechi l-a omorat pe Nobunaga si a luat controlul asupra castelului sau Azuchi. Toyotomi Hideyoshi, un general, s-a luptat pentru Nobunaga si dupa ce l-a invins pe Akechi a preluat puterea. Hideyoshi a ramas pentru a elimina toti rivalii. A controlat provinciile nordice si Shikoku in 1583 si Kyushu in 1578. Dupa ce a invins familia Hojo in Odawara in 1590, Japonia a fost in sfarsit reunita.

Pentru a avea tara sub complet control, Hideyoshi a distrus cateva castele care au fost construite in tara in timpul epocii razboaielor civile. In anul 1588 a confiscat armele tuturor fermierilor si institutiilor religioase in ceea ce s-a numit „Vanatoarea Sabiilor”. Le-a interzis samurailor sa traiasca ca fermieri si i-a fortat sa se mute in orasele castel. O distinctie clara intre clasele sociale ar trebui sa insemne controlul guvernului asupra oamenilor. In plus, o numarare a pamanturilor a fost initiata in 1583, iar un recensamant a fost facut in 1590. In acelasi an, castelul urias al lui Hideyoshi, Castelul Osaka, a fost terminat.

In anul 1587 Hideyoshi a emis un edict prin care alunga toti misionarii crestini. Cu toate astea franciscanii au intrat in tara in 1593 iar iezuitii au continuat sa ramana in vestul Japoniei. In 1597 Hideyoshi a accentuat persecutiile impotriva misionarilor crestini, interzicand convertirile, si a executat 26 de franciscani drept avertizare.

Dupa unificarea tarii, Hideyoshi a avut aspiratia de a-si realiza visul sau megalomaniac de cucerire a Chinei. In anul 1592 armatele sale au intrat in Coreea si au cucerit Seoul in cateva saptamani; cu toate astea, trupele au fost respinse de fortele chineze si coreene in anul urmator. Hideyoshi nu a cedat, persistand in pozitia sa, pana la evacuarea finala din Coreea in 1598, acelasi an in care a murit.