In prima perioada Jomon (13.000 i.Hr – 300 i.Hr) autohtonii insulelor japoneze era culegatori, pescari si vanatori. Jomon este numele obiectelor de olarie din acea epoca.

In timpul perioadei Yayoi (300 i.Hr. – 300 d.Hr) consumul de orez a fost introdus in Japonia in jurul anului 100 i.Hr. Odata cu introducerea agriculturii clasele sociale au inceput sa evolueze si alte parti ale tarii au inceput sa se alature puternicilor detinatori de pamanturi. In timpul dinastiilor Han si Wei unii calatori chinezi au anuntat ca o regina numita Himiko (sau Pimiku) a domnit peste Japonia in acea perioada. Perioada Yayoi a insemnat de asemenea introducerea fierului si a altor idei moderne din Coreea spre Japonia. Inca o data, obiectele de olarie dau numele acestei perioade.

La inceputul perioadei Kofun (300 – 538), un centru predominant s-a instalat in campia fertila Kinai, si pana in anul 400 d.Hr. tara a fost unita sub numele de Japonia Yamato, centrul sau politic fiind in (si in jurul) provinciei Yamato (zona prefecturii Nara din prezent). Numele acestei perioade provine de la marile morminte (kofun) care au fost construite de liderii politici ai acestei epoci. Japonia Yamato s-a intins de la Kyushu pana la campia Kinai, dar nu includea inca Kanto, Tohoku si Hokkaido.

Imparatul a fost guvernatorul Japoniei Yamato si a avut resedinta intr-o capitala care s-a mutat de multe ori dintr-un oras in altul. Cu toate astea, clanul Soga a preluat puterea politica in scurt timp, ceea ce a condus la faptul ca pozitia imparatilor sa fie doar drept un simbol al statului si o baza pentru realizarea ritualurilor Shinto.

Datorita relatiilor prietenoase dintre regatul Kudara (sau Paekche) si peninsula coreeana, impactul resimtit dinspre continent a inceput sa creasca puternic. Budismul a devenit popular in Japonia in anul 538 sau 552 si a fost promovat de clasa conducatoare. Printul Shotoku, in special, a jucat un rol important in promovarea ideilor chineze. El a compus de asemenea Constitutia celor Saptesprezece Articole despre principiile morale si politice. De asemenea, teoriile confucianismului si taoismului, precum si sistemul de scriere chinez, au fost introduse in Japonia in timpul perioadei Yamato.

In anul 645, Nakatomi no Kamatari a pus bazele unui clan Fujiwara care avea sa urmeze pana la dezvoltarea clasei militare (samurai) in secolul al XI-lea. In acelasi an, au fost realizate reorganizari Taika: Un nou guvern si sistem administrativ bazat pe modelul chinez. Tot pamantul a fost cumparat de stat si distribuit egal intre fermieri printr-o reforma agrara uriasa pentru a introduce noul sistem de taxe care fusese adoptat si in China.