Artele Zen au inflorit in timpul epocii Muromachi (1333-1573) si legaturile stranse cu China au insemnat inca o data dominarea vietii culturale. Shogunii Ahikaga, acum avand sediul la Kyoto alaturi de curtea imperiala, si-au ingaduit intr-un stil maret pasiunea pentru arte si amenajarea gradinilor. In timp ce multe din palatele si templele Muromachi din Kyoto au fost distruse in timpul Razboaielor Onin de la sfarsitul secolului al XV-lea, doua monumente magnifice au supravietuit in Kinkaku-ji si Gingaku-ji, pavilioanele Auriu si Argintiu. Construite drept resedinte de vacanta pentru shoguni, ambele cladiri sunt modeste in ceea ce priveste marimea si combina simplitatea designului cu luxul finisajelor – in special exteriorul de frunza aurie al Kinkaku-ji-ului. Stilul japonez de arhitectura nationala a fost asadar adaptat cerintelor si gusturilor elitei militare.

Unele din cele mai notabile embleme ale puterii si bogatiei lorzilor feudali (daimyo) au fost castelele lor. Acestea au atins apogeul in secolul al XVI-lea cand comandantii se luptau pentru putere. Castelele erau construite la scara mare, inconjurate de santuri cu apa si constructii de aparare elaborate, si erau construite din lemn asezat deasupra unor fundatii din piatra monumentale. Cu toate ca au fost construite, evident, pentru aparare, soliditatea lor extraordinara este intrecuta de turnurile de veghe cu multe etaje, aratand ca straturile multiple ale unui tort de nunta elaborat, cu acoperisurile lor multiple si cochete. Himeji-jo (Castelul Egretei Albe), la vest de Osaka, este un exemplu uluitor al stilului japonez unic al arhitecturii castelelor.

Sub patronajul ierarhiei feudale, artele japoneze au ajuns la maxima opulenta in timpul epocii Momoyama (1573-1600). Scara arhitecturii feudale a creat o noua cerere de picturi de vitrina decorative, care erau folosite pentru a impodobi fiecare etaj sau erau fixate fie pe pereti, fusuma sau pe peretii mobili (byobu). De la sfarsitul secolului al XVI-lea, scoala de artisti Kano cu sediul la Kyoto a inceput sa domine preferintele oficiale. Picturile lor combinau culorile stralucitoare si indrazneala decorativa a Yamato-e cu trasaturi de compozitie mai subtile, suiboku-ga. Subiectele era deseori luate din natura si din istoria si legendele japoneze, in timp ce folosirea intensa a foitei de aur adauga o stralucire tremuratoare spatiilor interioare intunecate ale marilor castele, palate si temple Momoyama. Kano Eitoku si nepotul sau, Kano Tan’yu, au fost reprezentantii cei mai faimosi ai scolii si operele lor pot fi vazute inca in Daitoku-ji si Nijo-ji din Kyoto. Acesta din urma este singurul palat care a supravietuit din epoca Momoyama. Fiind parte initial dintr-un complex mai mare de castele, liniile ondulate ale acoperisurilor sale si frontonurile sculptate si ornamentate sofisticat arata o maretie si o indrazneala a stilului potrivita folosirii orasului Kyoto drept sediu al shogunilor Tokugawa.