Hydra a fost locuita inca din timpuri preistorice si unii cred ca a fost caminul hidrei – sarpele de apa pe care Hercule l-a confruntat si l-a invins in munca a doua. Nu se cunosc multe despre istoria antica a insulei, se pare ca a fost complet ignorata de cronicarii bizantini, dar a jucat un rol important in secolul al XV-lea, cand oamenii de pe continent si din insulele s-au refugiat aici, ferindu-se de piratii si turcii invadatori.

In secolul al XVII-lea au inceput sa se stabileasca aici un numar mare de refugiati ai dominatiei turcesti de pe continent, majoritari albanezi, care au fost apoi activi in relansarea comertului din Peloponez. Dupa insurectia esuata din 1770, Hydra a primit un alt val de refugiati; iar locuitorii, prea numerosi pentru a putea fi sustinuti de insula lor, au devenit navigatori in majoritate, la inceput in insulele din Marea Egee, dar mai tarziu spre Alexandria, Constantinopol , Trieste si Venetia, si in cele din urma in Franta si chiar America. Turcii i-au lasat in pace, desi le-au cerut sa furnizeze nave si marinari pentru flota turceasca. Asta a fost o perioada de prosperitate economica, de control al pirateriei si pace interna. Datorita marilor cerinte otomane de transport maritim, Hydra a facut progrese mari in transport si comert. Conace fabuloase in stil european au fost construite, oferind insulei aspectul pe care il are si astazi. Negustorii din Hydra aduceau multe idei revolutionare europene de asemenea, in afara de produsele lor.

Hydra a avut o flota importanta in secolul al XVIII-lea si a fost uneori numita „Mica Anglie”, pentru atmosfera si comertul sau european. A fost una dintre cele mai puternice insule in timpul Razboiului de Independenta care a inceput in 1821, si a contribuit cu flota sa uriase de 130 de nave. Astfel, Argosaronikus, nesemnificativ pana in aceasta perioada, numara 27.000 de locuitori. Aceasta explozie demografica a avut consecinte pozitive si negative cu privire la progresul social. Cel mai pozitiv a fost dezvoltarea comertului si progresul rapid al transportului maritim. Ulterior, insula a continuat cu industria sa de pescuit si s-a concentrat pe pescuirea buretilor pana cand cererea de bureti a scazut. Insula a suferit apoi o perioada relativ scurta de stagnare pana la inceputul anilor 1950, cand a fost „descoperita” de pictori, si turismul a devenit apoi numarul unu in industrie. Astazi insula poetilor, scriitorilor si pictorilor, bijuteria unica din Golful Argo Saronic, Hydra lui Henry Miller si Leonard Cohen, este o minune istorica si arhitectonica protejata.