Orasul Fayoum, denumit uneori Oaza Fayoum, dar care nu este o oaza adevarata, se afla destul de aproape de Cairo, in sud. Numele sau provine din cuvantul coptic „Payomj” sau „Phiom”, care inseamna lac sau mare. In timpul perioadei antice (indepartate) orasul Fayoum era de fapt o mare, iar in prezent este renumit pentru descoperirea unor balene uriase, antice.

In timpul preistoriei mai multi oameni au locuit in orasul Fayoum decat in Valea Nilului. Pamantul de aici era bogat si exista apa din abundenta. Intre 7200 si 6000 i.Hr, o perioada cunoscuta drept perioada Qarunian, asiaticii din sud-vest, denumiti Epi Paleolithic Qarunian, au migrat in aceasta zona si s-au asezat aici, vanatul si pescuitul fiind principalele lor ocupatii. In acea perioada plantele si animalele abia incepeau sa fie domesticite. Toate acestea au avut loc in jurul unui lac mult mai mare decat cel din prezent.

In timpul perioadei neolitice (5500 – 4000 i.Hr.) doar 2 grupuri distincte de oameni au existat pe malurile lacului. Acestia au fost Fayumian din neoliticul timpuriu si Moerian din neoliticul tarziu. In timpul acestei perioade au aparut primele comunitati agricole. Acesti oameni mancau gazele, somn sau antilope, fierte in boluri lucrate rudimentar sau in vase de gatit si serveau mancarea prietenilor sau familiei in farfurii dreptunghiulare din lut rosu slefuit.

In jur de 4000 i.Hr. climatul orasului Fayoum a inceput sa devina uscat si dupa o perioada de cativa ani, oamenii au parasit casele lor lovite de seceta si au migrat mai aproape de Nil. In jur de 3500 i.Hr. cativa traiau la est de Nil in ceea ce este acum Maadi Digla, o suburbie moderna la sud de Cairo. Din siturile antice stim ca aveau depozite de cereale, produse de olarie si ca foloseau secere.

Dupa ce Valea Nilului a devenit dominanta, orasul Fayoum a fost in mare parte abandonat, pentru ca viata de-a lungul fluviului era mult mai usoara. Dar Fayoum a devenit un paradis pentru vanatoare si pescuit, precum si un loc pentru a mina dupa sare, calcar (var) si silex. In perioada faraonica Fayoum se numea Shedet si a continuat sa fie un centru al cultului crocodilului de-a lungul perioadei Egiptului Antic.