Ecosistemele de apa dulce au o importanta vitala pentru China si un mare numar de oameni depind de terenurile mlastinoase pentru apa de baut, controlul inundatiilor si productia industriala.

In muntii din vestul tarii isi au originea sapte din cele mai importante rauri din lume: Raul Galben, Raul Yangtze, Mekong si Salween in estul platoului Qinghai-Tibet; Indus, Gange si Brahmaputra in sud.

Bazinele acestor rauri servesc drept surse de irigare si apa potabila, mijloace de transport si centre cu semnificatie religioasa si cultura pentru aproape o treime din populatia lumii. Raurile insufletesc China, India, Pakistan, Bangladesh si tot sud-estul Asiei; de asemenea formeaza mii de lacuri de apa dulce in interiorul continentului.

Fauna mlastinilor include cocorul cu gatul negru, din baltile din Tibet si vestul Sichuan-ului; papalaul in sud-est, Bhutan, Tibet, nordul Yunnan-ului si vestul Guizhou-ului; si gasca cu gatul inalt in habitate asemanatoare.

In nordul tarii exista o multime de mlastini de apa dulce, inclusiv lacurile si stufarisul din Campia Sanjiang din provincia Heilongjiang. Raurile Heilongjiang, Sungari si Wusuli strabat doua milioane de hectare din Campia Sanjiang. Ecosisteme asemanatoare pot fi gasite in Jilin si Mongolia Centrala.
Rezervatia naturala Zhalong este una din cele mai reprezentative zone din ecosistemele nordice. A fost infiintata pentru a proteja zonele de imperechere ale cocorului cu creasta rosie si a altor pasari migratoare.

In mlastini exista o mare productie de trestie – material de baza pentru hartie – care nu a deteriorat inca ecosistemul natural. Aici pasarea de apa si industria agricola pot coexista in prezent.

Cele mai mari lacuri de apa dulce din China sunt Lacul Poyang din provincia Jiangxi si Lacul Dongting din provincia Hunan. Aceste lacuri au o mare transcendenta economica in cadrul regiunilor lor si conserva ecosistemele specifice in apele si mlastinile lor.

Lacul Dongting are o importanta cruciala pentru viata salbatica, dar intaltarea fundului lacului (datorita aluviunilor) si retrocedarea pamantului au redus lacul la jumătate, iar in partea care a mai ramas apa este contaminata. Aceste actiuni triste au pus multe specii in situatia de-a fi pe cale de disparitie, cum ar fi sturionul chinezesc si cateva specii de papalau salbatic (delfinul de pe raul Yangtze a fost declarat oficial ca fiind disparut).

Lacul Poyang sufera de acceasi problema ca si Lacul Dongting. Ecosistemul sau bogat de doua sute de cocori siberieni, cinci sute de mii de pasari si pesti unici se afla intr-un risc ridicat datorita permanentei secari a lacului si poluarii.