Mongolii au fost primii oameni, in afara de chinezi, care au controlat intreaga China. Inca din secolul al XI-lea, mongolii au amenintat ca vor asedia China, cand imparatii Song au inceput sa plateasca tribut catre triburile individuale mongole pentru a nu fi invadati de armatele lor. Dar aceste triburi nomadice au fost unificate de marele conducator Genghis Khan in 1206, care a format rapid un urias imperiu militarizat puternic.

Genghis a inceput o serie de razboaie si in timp de 70 de ani mongolii au cucerit China si multe parti din Asia centrala si de vest, constituind cel mai mare imperiu care a existat pe lume.

Pamanturile Yuan se intindeau din Europa de Est pana in Peninsula Coreea si din Siberia pana in subcontinentul indian, dar imperiul a fost impartit in patru khanate (state) care se razboiau deseori intre ele.

In 1278, nepotul lui Genghis, numit Kublai Khan, a fondat dinastia Yuan. El a mutat capitala mongola de la Karakorum (in Mongolia) la Khanbalik (Beijing-ul de astazi) pentru a adopta obiceiurile si stilul de viata chinez.

Mongolii au creat conditiile pentru schimbul de mentalitati si bunuri de-a lungul Asiei dar au provocat de asemenea uriase devastari populatiei sedentare. Ei au deschis tara pentru calatori, misionari si pentru comertul strain si credinte religioase. Ei au imbunatatit comunicatiile est-vest si arabii, venetienii si rusii au inceput sa vina in porturile chineze.

Marele Canal a fost extins de la Hangzhou la Beijing, in timp ce in Beijing a fost construit un nou zid al orasului si Palatul Tuturor Linistilor, cunoscut in prezent ca Orasul Interzis. Negustorul venetian Marco Polo a descris majoritatea acestor lucruri in impresiile sale (scrise pe hartie chinezeasca) despre stilul de viata Yuan si comorile sale, dupa ce a trait la curtea de la Kublai mai multi ani. El a povestit despre bogatia si splendoarea oraselor chinezesti.

In 1386, taxele mari, foametea si inundatiile severe au provocat o serie de revolte in China. Unul din triburile rebele din nord, conduse de Zhu Yuangzhang, a ocupat Beijing si a incheiat conducerea dinastiei Yuan in China, cu toate ca mongolii au continuat sa faca incursiuni in China din baza lor din Mongolia in anii care au urmat.